我校在APA和SNP等研究领域数据库构建方面取得新进展
南湖新闻网讯(通讯员 杨彦波)近日,我校信息学院、生物医学与健康学院龚静教授研究团队在《Nucleic Acids Research》(IF:11.1)杂志先后发表题为“ncRNA-eQTL: a database to systematically evaluate the effects of SNPs on non-coding RNA expression across cancer types”和“SNP2APA: a database for evaluating effects of genetic variants on alternative polyadenylation in human cancers”等2篇文章。系列文章对多种癌症中遗传变异的功能进行深入分析,发现了大量可调控ncRNA和可选择性多聚腺ぷ苷酸化(APA)的遗传变异位点,构建了在线数据库,方便其他研究者使用。
研究表明,非编码RNA(ncRNA)在生物学过程中具有重要功能,一些遗传∩变异(SNP)可通过影响ncRNA表达而导致疾病。目前虽◤然有一些ncRNA得到深入研究,但绝大多数ncRNA的功能仍有待解析。在该研究中,研究◣团队基于TCGA的癌症多组学数据和全基因组关联分析(GWAS)数据,开发了新的生物信息计算方法,系统鉴定了能影︻响ncRNA(包括lncRNA和miRNA)的表达数量性状基因座(ncRNA-eQTL),并进一步整合了GWAS数据和临床信息,鉴定了与GWAS表型或临床信息相关的ncRNA-eQTL,并搭建了ncRNA-eQTL的数据△平台。用户可通过ncRNA-eQTL数据库查询和下载所有ncRNA-eQTL结果,包括不同癌症类型的顺式和反式ncRNA-eQTL、患者存活时间相关的ncRNA-eQTL,GWAS 相关的ncRNA-eQTL。此外,该平台提供批量查询功能,可跨癌症类型比较多个功能性ncRNA-eQTL或基因。该平¤台为探索SNP、非编码RNA和癌症表@型之间的关联及其潜在的生物学机制提供极大便利。
研究结果表明,可选择性多聚腺苷酸化(APA)可通过◥识别转录本上不同的PolyA加尾信号,使转录本具有不同长度的3’端非翻译区(3’UTR),从而影响其生物学▓功能。SNP是人类遗传变异的最常见类型,在人类复杂性状和疾病中发挥重要作用。近来发现,一些遗传变异可造成APA功能失调,APA也与癌症的发生发展密切相关。研究团队利用公共≡数据库多种癌症样本的基因型数据和APA数据,通过生物信息学方法系统鉴定了影响APA事件的㊣遗传变异(apaQTL),并根据基因调控方式定义了顺式和反式apaQTL。在进一》步整合GWAS数据后,鉴定了落在GWAS区域的tag SNP及其连锁不平衡LD区域中的apaQTL,并利№用样本的临床信息鉴定预后相关的apaQTL。研究团队搭建了SNP2APA数据库展示这些结果,同时设计了软件在线预测SNP对多聚腺苷酸化信号的影响。该数据库将成为APA和SNP等研究领域的重要资源。
审核人:明庭庆
论文链接:
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkz711/5549714
https://academic.oup.com/nar/advance-article-abstract/doi/10.1093/nar/gkz793/5568208
未经允许不得转载:二九年华大学门户 » 我校在APA和SNP等研究领域数据库构建方面取得新进展
相关推荐
- “品茗叙话”第四期青年教工茶话会举行
- 学校总结和部署国家基金工作
- 2019年资源环境全国优秀博士生学术论坛在我校召开
- 【特别关注】《写作与沟通》:试水本科教育教学改革
- 文法学院以∑“四个一”靶向服务精准助力毕业生
- 狮山欢乐节备受媒体关注
- 学校召开领导班子“不忘初心、牢记使命”主题教育专题民主生活会
- 【战“疫”快报】党员青年突击队进驻学校密切接触者集中隔离观察点
- “优质抗逆地方猪种质资源培养与创新利用”总结汇报会举行
- 9名学者来校参加园艺学一流学科建设中期自评
- 风景园林国际联合设计工作坊“云端”开课
- 我校15个专业入选国家级一流本科专业建设点
- 学校召开2019年新入职辅导员教师节座谈会
- 我看新中国70年:我校举办思政课实践教学作品展示
- 【战“疫”快报】校医院第ξ 二批医护人员换防洪山区隔离点
- 学校党委领导班子举行主题教育调研成果交流会
- 第30届国际拟南芥大会在武汉举办
- 意大利国家新技术、能源和可※持续经济发展局研究主任Giovanni Giuliano教授来我校交流
- 李召虎等校领导调研指导生物医学与健康学院事业发展工作
- 第四届湖北省大学生酒体设计大赛在我校举行∏
新闻公告
- 我国十字花科育种领域外文发文量位列世界第一 04-17
- 支部结对共建:共研疫期学业毕业就业创业 04-17
- 高翅:坚持高标准严要求抓好本科人才培养工作 04-17
- 新面貌,新气象——华中农业大学国际学生教育的蜕变 04-17
- 青山一道,风雨共担 04-16
- “点对点”邮寄电脑助力学生在线学习 04-16
- 念好“四字诀”,工学院做好特殊时期毕业生就业工作 04-16
- 本科生毕业就业工作推进会召开 04-15
- 学校召开2020年定点扶贫工作会议 04-15
高考招生
- 2017年华中农业大学︽普通本科招生章程 08-05
- 2018年华▅中农业大学普通本科招生章程 08-05
- 华中农业大学2015年全日¤制普通本科招生章程 08-05
- 华中农业大学普通本科招生章程(2016年) 08-05
- 华中农业大学2013年全日制普通本科招生章程 08-05
- 华中农业大学2014年全日制普通本科招生章程 08-05
- 华中农业大学2012年全日制普通本科招生章程 08-05
- 华中农业大学2008年全日制普通本科招生章程 08-05
- 华中农业大学2009年全日制普通本科招生章程 08-05
- 华中农业大学2007年全日制普通本科招生章程 08-05