学校柑桔研究所发布柑橘全基因组变异数据库CitGVD
近日,学校柑桔研究所题为“CitGVD:arehensive database of citrus genomic variations”(CITGVD: 柑橘全基因组变异综合数据库)的研究论文在Horticulture Research(《园艺研究》)上发表。该研究展示了柑橘的全基因组变异数据库CitGVD,这也是世界范围内的第一个ζ园艺类全基因变异数据库。
柑橘是全世界最重要的商业水果作物之一。利用当前可用于柑橘类水果的大量基因组数据,可以开发分子标记和评估种质遗传关系,服务于分子☆育种和全基因组选择辅助育种。在这项研究中,为方便访问、利用和分享这些数据,国家柑橘品种改良中心陈善春团队开发了↙一个基于Web的数据库,即柑橘基因组变异数据库(CitGVD,http://citgvd.cric.cn/home)。
这是第一个针对柑橘且专用于全基因组变异数据和分析的综合数据∑库,包括单核苷酸多态性(SNP)和插入/缺失(INDEL)。CitGVD的当前版本(V1.0.0)是一种开放获取资源,其资源是从内部项目和公共资源中挑选出来㊣ 的346个种质的1,493,258,964个高质量基因组变异和84个表型。
CitGVD集成了有关基因组变异注释,相关基因注释以及●有关种质的详细信息,并集成了多种内置工具来进行数据访问和╲分析。本数据库是一个数据与工具的集成分析平台,为柑橘的分子标记挖掘,分子标记〓辅助育种和分子设计育种提供数据支持。这些功能使CitGVD成为用于柑橘相关研究的综合Web门户和生物信息学平台,还为构建其他农作物的全基因组变异数据平台提供了范例。
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